После освобождения Анапы от турецкого владычества по Адрианопольскому мирному договору в 1829 году и заселения ее русскими и казаками Анапа становится преимущественно православным городом. В 1848 году строится первый православный храм в честь преподобного Онуфрия Великого, в день памяти которого и состоялось освобождение Анапы.
Стоящие ныне в центре города ворота турецкой крепости, называемые ныне Русскими Воротами, были преобразованы в часовню, так как в них были произведены захоронения останков русских солдат, освободителей Анапы. Часовня просуществовала вплоть до времен установления большевистской власти. В 1893 году по инициативе генерала Дмитрия Пиленко было начато строительство нового храма в честь пророка Осии. История его создания относится к 1888 году, когда в день памяти пророка Осии (30 октября по нов. стилю) была чудесным образом спасена жизнь Александра III c семейством во время крушения царского поезда. Храм возводился по проекту и при непосредственном участии знаменитого Петербургского архитектора В.П.Цейдлера.
Строительство Осиевской церкви было завершено при Юрии Дмитриевиче Пиленко, который возглавлял городское самоуправление в Анапе в 1900 -1904 гг. Осиевский храм разделил судьбу многих православных храмов России. В начале тридцатых годов он был закрыт, а в 1937 - разрушен до основания. В 1999 году усилиями православной общественности стала восстанавливаться память о разрушенном храме. В год 2000-летия Христианства на месте, где стоял храм (ныне площадь перед зданием городской администрации) установлен камень с памятной надписью. Ведется работа по наименованию этого места Свято-Осиевской площадью. В 1964 году во время очередных ("хрущевских") гонений на Церковь единственный в городе свято - Онуфриевский храм был закрыт и в дальнейшем преобразован в городской Дом пионеров. В 1964 году приходом было приобретено жилое здание в городе и переоборудовано под православный храм. Долгие годы он был единственным храмом на всей территории Анапского района. Во время демократических перемен в 1991 году свято - Онуфриевский приход вернулся в возвращенное здание церкви, а в малом храме был образован приход преподобного Серафима Саровского.
В 1998 году в Анапе был основан третий православный приход - свято-князе Владимирский. Новый приход ставит своей целью строительство храма - комплекса во имя святого равноапостольного великого князя Владимира в жилом микрорайоне города на высоком морском берегу.
В комплекс храма будут входить благотворительные социальные службы, учебно-образовательные заведения. Строящийся храм получил статус храма-памятника морякам Черноморского флота, где будут возноситься молитвы о погибших в морских пучинах защитниках Отечества.
В настоящее время в Анапском районе существует 12 православных приходов, объединенных в Анапское благочиние, работает городская православная библиотека. Каждый из приходов является структурным подразделением Екатеринодарской и Кубанской епархии Московской Патриархии. Вследствие того, что Анапский регион издавно заселен и является многонациональным, кроме Православия в нем представлены и другие церкви и религиозные объединения, в основном пришедшие сюда в последние 5-8 лет.